Ne "L'esercito delle dodici scimmie" James Cole (Bruce Willis) è un carcerato a vita che, nell'anno 2035, vive in un mondo ridimensionato da una terribile epidemia scoppiata nel 1996 e che ha visto la morte di 5 miliardi di persone. I superstiti sono costretti a vivere sottoterra per evitare il contagio, mentre in superficie vivono solo gli animali, del tutto immuni al virus epidemico.
A Cole viene affidata la missione di tornare indietro nel tempo, per raccogliere elementi utili a identificare la natura del virus e dare così agli scienziati la possibilità di preparare un vaccino e far tornare l'umanità in superficie. Se Cole riuscirà nell'impresa, la pena gli sarà condonata. Cole porta a termine l'impresa, ma poi vuole ritornare nel passato, per poter ancora una volta respirare l'aria naturale, vedere l'oceano, riascoltare le musiche del tempo che fu e, soprattutto, rincontrare la donna di cui si è innamorato, Kathryn Railly, una psichiatra che, resasi conto della veridicità della catastrofe rivelatale da Cole, vuole aiutarlo a cambiare il destino della razza umana.
Cole cerca le "dodici scimmie" che lo ossessionano nei sogni come simbolo di chi ha provocato la catastrofe e che alla fine risulteranno soltanto essere un graffito punk su un muro accanto alla baracca ove vivono alcuni giovani scienziati terroristi, intenzionati a distruggere l'umanità con un virus mortale.
Purtroppo, niente e nessuno può mutare il corso della storia e Cole, prima che riesca ad eliminare l'uomo che sta per diffondere l'epidemia sulla Terra, viene colpito a morte dai poliziotti che l'inseguono.