Siamo a La Flèche nel collegio dei Gesuiti (1611). Renéè Des Cartes (1596-1650) vi era giunto nel 1607 e vi rimarrà fino al 1615. Un gesuita, arrivato da Firenze, parla del cannocchiale con cui Galileo aveva fatto conoscere una infinità di stelle, delle scoperte delle macchie solari, sulla cui natura era incerto lo scienziato pisano, che, seguendo Copernico, credeva nella mobilità della terra e nella stabilità del sole. Pierre, il fratello di Descartes, ricorda che questa ipotesi è contraria alla Bibbia ove si afferma che Iddio fermò il sole.
Renée chiede al rettore del collegio l'autorizzazione a leggere il De occulta philosophia di Cornelius Agrippa (1486-1535) e la Magiae naturalis di Giovan Battista Della Porta (1535-1615) e in questo colloquio confessa il suo grande interesse per le nuove scienze: ama la fisica e la matematica. Purtroppo suo padre Joachim, consigliere al parlamento di Bretagna, vuole che studi diritto alla Facoltà di Poitiers. Seguendo il desiderio del padre, Renée vi ottiene nel 1616 il baccellerato e la licenza in diritto canonico e civile.
Siamo a Parigi; Descartes vede trascinata via su una carretta una donna, Leonora Concini, mandata al patibolo dopo essere stata processata come fattucchiera.
Marin Mersenne (1588-1648), frate, condiscepolo di Cartesio al collegio di La Flèche , lo invita ad una conferenza nella sua "accademia", formata da un gruppo di dotti, amici suoi.
Mersenne gli mostra un apparecchio che ha fatto costruire, con cui si può misurare l'umidità dell'aria. È conservato in una stanza insieme a molti strumenti scientifici, pendoli, recipienti di vetro, sestanti e cannocchiali.
Descartes vuole liberarsi dei pregiudizi e delle opinioni false. Vuole far funzionare liberamente la sua mente, estinguere gli errori, verificare tutte le ragioni, accettare solo quello di cui avrà assoluta certezza. Decide di lasciare la casa che lo ospita e di andare in Olanda. Parte con un piccolo bagaglio, senza alcun libro.
In una taverna Descartes con un amico vengono avvicinati da persone che offrono loro un ingaggio per un viaggio su una nave della Compagnia delle Indie diretta alla Nuova Olanda. Si tratta di un imbarco come maestri d'arme. Avranno duemila fiorini. [L'episodio forse è inventato ma serve al regista dare un'idea del potere commerciale dei Paesi Bassi].
Il 10 novembre 1618 Cartesio, in una strada di Breda, vede un gruppetto di persone che stavano leggendo uno scritto affisso: si tratta di un problema di matematica scritto in fiammingo. Cartesio chiede al primo che gli sta vicino di tradurglielo in francese o in latino. La persona che il caso gli aveva posto accanto è l'autore del problema, Isaac Beeckman di Middelbourg (1588-1637):
Problema di Matematica per una mente illustre. Una pietra cade da A a B in un'ora. Questa è perpetuamente attratta dalla terra con la medesima forza senza nulla perdere della velocità che le è stata impressa dall'attrazione precedente. Orbene quel che si muove nel vuoto si muove eternamente. Si domanda quanto tempo impiegherà la pietra a varcare uno spazio dato.
A Breda, nella casa di Beeckman, Descartes dà la soluzione del problema.
In un anfiteatro universitario il professore di anatomia procede ad una dissezione. Ad alcune affermazioni ipotetiche del professore, Descartes commenta che senza il controllo della ragione le sensazioni sono fallaci. Fa l'esempio del bastone che quando è in parte immerso nell'acqua appare piegato. Qualcuno lo contesta dicendo che basta immergere la mano per percepire che il bastone continua dritto. Cartesio risponde che è proprio questo l'intervento della ragione: un confronto tra il risultato di due sensi e la scelta a favore di uno di questi. Ecco perché vi è necessità dell'evidenza della ragione, evidenza che deve essere simile a quella data dalla matematica.
Nell'anfiteatro anatomico di una università olandese. Il professore parla di circolazione del sangue e cita William Harvey (1578-1657), un aristotelico dichiarato, che aveva scritto un libro innovatore, pubblicato a Francoforte, di cui legge alcuni passi. [La Exercitatio anatomica de motu cordis et sanguinis in animalibus (1628) di Harvey era stato segnalata a Descartes da Mersenne fin dal 1632]. Vi si afferma che nel corpo il sangue compie un circuito perenne sospinto dalle contrazioni del cuore, che molte dottrine precedenti erano pure fantasie, mentre la sua era il risultato di un metodo scientifico, di ricerca e di esperimenti.
Interviene Descartes: "il cuore è un vaso molto caldo in cui, come sostiene Aristotele, vi è un processo di ebollizione, da cui procede la circolazione". [Descartes nella quinta parte del Discours de la méthode propone il concetto aristotelico del cuore come fonte di calore e di energia vitale propulsiva. Il sangue del circuito venoso proveniente dal fegato arriva al cuore e il calore vitale che è presente in esso provoca la sua dilatazione e rarefazione; l'espansione spinge il sangue lungo le arterie ai polmoni dove il sangue, che era divenuto quasi vapore, si condensa e nuovamente diviene liquido. Ancora una volta Descartes preferisce una spiegazione di tipo meccanicista all'ipotesi di Harvey di un cuore che si contrae per una sua propria vitalità].
Ma il professore, che non è d'accordo, lo contraddice ricordandogli che il cuore pulsa con battiti velocissimi, impossibili a essere prodotti da un processo di normale riscaldamento. Gli ricorda Bacone, suggerendogli di liberarsi dei falsi idoli.
A Louvain Descartes, invitato a tenere una conferenza su quanto sta scrivendo, espone davanti ai professori il suo trattato Le Monde, il libro in cui illustrerà tutto ciò che può spiegare le cose naturali. Per essere più libero di esprimere le sue idee, ha scelto di parlare di un mondo nuovo posto in uno spazio immaginario. Questo mondo è pieno di materia, ma non la materia dei filosofi. Descartes ha quindi l'occasione di esporre le sue idee.
Arriva una lettera di Mersenne: Galileo, era stato condannato. Descartes, che aveva quasi finito il trattato sul mondo, decide di non pubblicarlo perché non può correggerlo eliminando il moto della terra per cui Galileo era stato condannato. Nel salotto di Anne-Marie Schurman, un'intellettuale di quel tempo Descartes esprime alcune delle idee che esporrà poi nel Discorso sul Metodo. "Dubito di tutto ma penso, dunque sono; esisto quindi ho la certezza di essere qualcosa. Questa verità era così salda e certa che giudicai di poterla accettare come il primo principio della filosofia che cercavo".
Si difende da alcuni teologi della Sorbonne ai quali ha comunicato prudentemente i suoi pensieri A costoro che gli hanno fatto rilevare errori, omissioni e affermazioni pericolose per la religione, Cartesio risponde ringraziandoli per la benevolenza mostratagli e per la loro religiosità. Adesso il suo difficile compito futuro sarà quello di distinguere le proprietà e le qualità dello spirito da quelle del corpo. Intanto le Meditationes vengono stampate a Parigi [il 28 agosto 1641] ed è lo stesso Mersenne a soprintendere il lavoro, badando che non vi siano errori.